• La estructuración de la información: directorios y ficheros

• La estructura de una memoria: ficheros padres e hijos

• Estructura de un chunks básico

• Opciones interesantes de los chunks

• El etiquetado

• Como usar el chunk para cargar una figura

1. Anatomía básica de un chunk

   ```{r}
   ```

2. Nombre en los chunks: no pueden repetirse en un documento o sus partes

   ``` {r nombreChunkOpcional, otros argumentos … }
   # Código a evaluar por el chunk
   ```

include

gestiona si se debe incluir la salida del chunk en el documento de salida, por ejemplo un gráfico o un análisis estadístico. Pero sí evalúa el chunk.

echo

gestiona si se debe incluir el código fuente de R en el archivo de salida.

eval

gestiona si se evalúa el código del chunk.

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = TRUE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
```

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = TRUE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
```

plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = TRUE, echo = FALSE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
```

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = TRUE, echo = FALSE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
``

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = FALSE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
``

```{r ejemplo, include = TRUE, eval = FALSE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
``

plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)

```{r ejemplo, include = FALSE, eval = TRUE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
``

```{r ejemplo, include = FALSE, eval = TRUE, echo = TRUE}
plot( iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width )
``

Pero sí ha hecho el gráfico aunque no lo muestre.

Referencias bibliográficas, secciones del texto, figuras, tablas, chunks… ¡OJO! No pueden haber 2 etiquetas iguales.

• Ejemplo chunk para añadir una figura con cita bibliográfica:

```{r esquema, fig.cap = "\\label{fig:esquema} Pie de figura con cita [@car2018].", out.width="\\textwidth", fig.align='center'}

knitr::include_graphics( "img/esquema.jpg" )
```

Con negrita los parámetros del chunk y con cursiva los valores elegidos
El chunk tiene como etiqueta esquema, la etiqueta de la figura es fig:esquema y la etiqueta de la referencia es @car2018
La imagen para la figura está en el subdirectorio img

Como se ve en la figura

Pie de figura con cita (Carreño 2018).