• Instalación y actualización de librerías de R complementarias

• Instalación de y configuración pandoc para conversión de documentos docx (y otros) a formato rmarkdown.

• Algunos ejemplos de formatos de salida

Objetivos

• Comprender la mecánica del uso de librerías y su gestión para un aprovechamiento óptimo del sistema de trabajo.

• Manejar el programa pandoc para la conversión de documentos con distintos formatos.

• Análisis de distintas plantillas para la elaboración de artículos y otros tipos de documentos, tanto para papel como digitales.

• Elaboración de una memoria con el paquete bookdown.

Objetivos

• Estudiaremos como aprovechar el potencial de el procedimiento de sesiones anteriores para integrarlo en una potente alternativa de elaboración de libros orientada a la escritura de nuestra memoria de tesis doctoral.

• Analizaremos la disponibilidad de distintos recursos y documentación para esta metodología.

• En las sesiones anterior trabajamos con una serie de documentos, las soluciones las podéis descargar desde este enlace.

1. Descárgate estos estos ejemplos de formatos alternativos de salida zip.

2. Análisis de los distintos elementos utilizados

A modo de ejemplo utilizaremos la librería rticles que proporciona plantillas para preparar trabajos destinados a distintas revistas: Royal Society Open Science, R Journal, Elsevier journals, …

1. Desde el menú de Rstudio elegimos:

   Tools \(\rightarrow\) Install packages \(\rightarrow\)

   

1. En el item Packages escribimos rticles

2. Creamos un nuevo documento de Rmarkdown.

3. Comprobamos que disponemos como opción entre los los templates los que aporta este paquete.

1. Desde el menú de Rstudio elegimos:

   Tools \(\rightarrow\) Check for Package updates \(\rightarrow\)

• Información en la wikipedia sobre pandoc

• Es necesario configurar la ruta para acceder a programa desde cualquier directorio.

• Trabajaremos en una terminal de Rstudio o desde el símbolo del sistema, preferiblemente la primera.

• Necesitamos incluir en el path por defecto, el correspondiente a pandoc.

• Nuestro path actual no incluye pandoc, para verlo en la terminal:

  p:
echo %path%

• En la máquinas EVA, donde ya está instalado Rstudio, bastará con escribir en la terminal de Rstudio:

  set path=%path%;p:/RStudio/bin/pandoc

• Comprobamos utilizando nuevamente:

  echo %path%

• Desde tu ordenador se configura igual.

• En la máquinas EVA, si lo hacemos desde el símbolo del sistema añadimos el directorio de pandoc al path actual:

  set path=%path%;C:\Users\fenix\AppData\Local\Pandoc\

• En caso del máquinas personales, sustituir fenix por el alias del usuario que hace la instalación.

• Sino lo encuentra buscar el fichero pandoc.exe y copia la ruta

  set path=%path%;C:\ruta\para\llegar\a\Pandoc\

1. Usa el fichero tema11.docx (proyecto de la sesion3 subdirectorio convirtiendo ya descargado)

2. Guárdalo en el escritorio

3. Desde el símbolo del sistema o una terminal de Rstudio, cambia el directorio de trabajo al escritorio (~/Desktop)

4. Crea un nuevo fichero con formato:

   pandoc tema11.docx -o tema11.md

alternativamente, indicando el marcado de salida:

    pandoc tema11.docx -t markdown -o tema11.Rmd

• Lo "tejemos":

  pandoc tema11.md  -s -o  tema11.html
  
  pandoc tema11.md -o tema11.pdf

• ¿Donde están las figuras?

• ¿Directorio media?

1. Crea un nuevo fichero con formato y extrae las figuras:

   pandoc --extract-media=./ tema11.docx -o tema11.md

2. Figuras conversión de emf a png (para cada figura):

   inkscape -e media/image1.png media/image1.emf

3. Editamos el fichero tema11.md, remplazamos la extensión de las figuras (de emf a png)

4. Tejemos el documento

   pandoc tema11.md  -s -o  tema11.html
   pandoc tema11.md  -o  tema11.pdf

• Si no se tiene instalado Rstudio
• Veamos la instalación en un sistema windows
• Descargar el fichero de instalación de la página de desarrollo del proyecto, en la entrada de descargas: pandoc-2.1.1-windows.msi

• Paquete de R para crear libros, memorias, … basado en rmarkdown (el libro).

• Más libros hechos con bookdown

• Material de trabajo para la sesión