Enero de 2018
Instalación y actualización de librerías de R complementarias
Instalación de y configuración pandoc
para conversión de documentos docx
(y otros) a formato rmarkdown.
Algunos ejemplos de formatos de salida
Objetivos
Comprender la mecánica del uso de librerías y su gestión para un aprovechamiento óptimo del sistema de trabajo.
Manejar el programa pandoc
para la conversión de documentos con distintos formatos.
Análisis de distintas plantillas para la elaboración de artículos y otros tipos de documentos, tanto para papel como digitales.
bookdown
.Objetivos
Estudiaremos como aprovechar el potencial de el procedimiento de sesiones anteriores para integrarlo en una potente alternativa de elaboración de libros orientada a la escritura de nuestra memoria de tesis doctoral.
Analizaremos la disponibilidad de distintos recursos y documentación para esta metodología.
Descárgate estos estos ejemplos de formatos alternativos de salida zip.
Análisis de los distintos elementos utilizados
A modo de ejemplo utilizaremos la librería rticles
que proporciona plantillas para preparar trabajos destinados a distintas revistas: Royal Society Open Science, R Journal, Elsevier journals, …
Desde el menú de Rstudio elegimos:
Tools
\(\rightarrow\) Install packages
\(\rightarrow\)
En el item Packages
escribimos rticles
Creamos un nuevo documento de Rmarkdown.
Comprobamos que disponemos como opción entre los los templates los que aporta este paquete.
Desde el menú de Rstudio elegimos:
Tools
\(\rightarrow\) Check for Package updates
\(\rightarrow\)
pandoc
pandoc
path
(1/3)Es necesario configurar la ruta para acceder a programa desde cualquier directorio.
Trabajaremos en una terminal de Rstudio o desde el símbolo del sistema, preferiblemente la primera.
Necesitamos incluir en el path
por defecto, el correspondiente a pandoc
.
Nuestro path
actual no incluye pandoc
, para verlo en la terminal:
p:
echo %path%
path
desde el terminal de R (2/3)En la máquinas EVA, donde ya está instalado Rstudio, bastará con escribir en la terminal de Rstudio:
set path=%path%;p:/RStudio/bin/pandoc
Comprobamos utilizando nuevamente:
echo %path%
Desde tu ordenador se configura igual.
path
desde el símbolo del sistema (3/3)En la máquinas EVA, si lo hacemos desde el símbolo del sistema añadimos el directorio de pandoc
al path
actual:
set path=%path%;C:\Users\fenix\AppData\Local\Pandoc\
En caso del máquinas personales, sustituir fenix
por el alias del usuario que hace la instalación.
Sino lo encuentra buscar el fichero pandoc.exe
y copia la ruta
set path=%path%;C:\ruta\para\llegar\a\Pandoc\
pandoc
: conversión de documentosUsa el fichero tema11.docx
(proyecto de la sesion3 subdirectorio convirtiendo
ya descargado)
Guárdalo en el escritorio
Desde el símbolo del sistema o una terminal de Rstudio, cambia el directorio de trabajo al escritorio (~/Desktop
)
Crea un nuevo fichero con formato:
pandoc tema11.docx -o tema11.md
alternativamente, indicando el marcado de salida:
pandoc tema11.docx -t markdown -o tema11.Rmd
pandoc
: conversión de documentos (2)Lo "tejemos":
pandoc tema11.md -s -o tema11.html pandoc tema11.md -o tema11.pdf
¿Donde están las figuras?
¿Directorio media?
pandoc
: conversión de documentos (3)Crea un nuevo fichero con formato y extrae las figuras:
pandoc --extract-media=./ tema11.docx -o tema11.md
Figuras conversión de emf a png (para cada figura):
inkscape -e media/image1.png media/image1.emf
Editamos el fichero tema11.md, remplazamos la extensión de las figuras (de emf a png)
Tejemos el documento
pandoc tema11.md -s -o tema11.html pandoc tema11.md -o tema11.pdf
pandoc
Rstudio
pandoc-2.1.1-windows.msi
Paquete de R para crear libros, memorias, … basado en rmarkdown (el libro).