• Elaboración de un trabajo corto: memoria breve, informe, artículo.

• Librerías de R complementarias: templates en la librería rticles.

Objetivos

• Desarrollaremos un proyecto de un trabajo tipo artículo para analizar el método de trabajo y de organización de la información en ficheros.

• Utilizaremos las "plantillas" o templates de documentos para presentar nuestro trabajo con el aspecto de un artículo de revista, analizando —someramente— los requerimientos de las editoriales para la remisión de trabajos.

• Bibliografía: ficheros, formatos y estilos, referencias y citas

• Captura de la información de referencias en la red

Objetivos

• Analizaremos el uso de programas para la gestión de las referencias y las estrategias para optimizar el trabajo y la edición de notas y resumenes de nuestras lecturas.

• Instalación de y configuración pandoc

• pandoc: conversión de documentos docx a formato rmarkdown.

Objetivo

• Manejar el programa pandoc para la conversión de documentos con distintos formatos.

• En la sesión anterior planteamos una serie de ejercicio con distintos documentos.

• Descarga desde este enlace estarán disponibles las soluciones a partir del próximo jueves, 25 de enero.

1. Descargate este ejemplo.

2. Análisis de los distintos elementos utilzados

3. Extracción de partes a ficheros independientes: los chunks son nuestros amigos

   ``` {r}
   # Código de R
   ```

4. Un chunk muy interesante

   ``` {r, child='resultados.Rmd', eval=FALSE}
   # Texto correspondiente al apartado de resultados
   ```

Esta libería proporciona plantillas para praparar trabajos destinados a distintas revistas: Royal Society Open Science, R Journal, Elsevier journals, …

1. Desde el menú de Rstudio elegímos:

   Tools \(\rightarrow\) Install packages \(\rightarrow\)

2. En el item Packages escribimos rticles

3. Comprobamos que disponemos de estos templates como opción al crear un nuevo documento Rmarkdown.

• Herramienta para dar formato a referencias documentales (wikipedia).

• Página principal del proyecto

• Manejo de bibliografía con , para ver los tipos de referencias (wikibooks).

• Su logo es

• JabRef es un Software de gestión bibliográfica que utiliza BibTeX como formato nativo (wikipedia).

• Página principal del proyecto

• Un vídeo para iniciarse.

• Un manual breve

• ¡Descargalo!

• Consideraremos al instalación en sistemas windows

• Descargar el fichero de instalación de la página de desarrollo del proyecto, en la entrada de descargas: pandoc-2.1.1-windows.msi

• Configuración para acceder a programa desde cualquier directorio

• Trabajaremos en una terminal de Rstudio o desde el símbolo del sistema

• Necesitamos incluir en el path por defecto el correspondiente a pandoc.

  • El programa se ha instalado en nuestro home directory

    • En general en: ~\AppData\Local\Pandoc\
    • En las ADLAS o EVA: c:\Users\fenix\AppData\Local\Pandoc\

• Nuestro path actual no incluye pandoc, para verlo:
  echo %path%

• Añadimos el directorio de pandoc al path actual:

  set PATH=%path%;C:\Users\fenix\AppData\Local\Pandoc\

• Comprobamos utilizando nuevamente:

  echo %path%

• En caso del máquinas personales, sustituir fenix por el alias del usuario que hace la instalación.

1. Descarga este fichero de trabajo con formato docx

2. Guárdalo en el escritorio, con el nombre plantillaOrig.docx

3. Desde el símbolo del sistema o una terminal de Rstudio, cambia el directorio de trabajo al escritorio (~/Desktop)

4. Crea un nuevo fichero con formato:

   pandoc plantillaOrig.docx -o plantilla.md

alternativamente, indicando el marcado de salida:

    pandoc plantillaOrig.docx -t markdown -o plantilla.Rmd