# Anatomía de un proyecto {#anatomia}

Veamos cuales son los ficheros 
de proyecto y su relación con
las partes del documento.

## Ficheros: nombres y contenidos

### Sobre el proyecto

* `README.md`: Descripción del proyecto

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
        cat README.md
    ```

* `ejemplo.Rproj`: fichero del proyecto

### Los contenidos

* `index.Rmd`:

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    head -n 20 index.Rmd
    ```

* `*.Rmd`: Capítulos del proyecto, cada uno contiene,
   como *máximo* un capítulo, y aparecen en la memoria
   final por orden alfabético, para forzar el orden
   el nombre lo iniciamos con una cadena numérica. 
   En el ejemplo:
   
    * `01-intro.Rmd`
        ```{r engine='sh', echo=FALSE}
        head -n 20 paraActualizar/01-intro.Rmd
        ```

    * `02-literature.Rmd`

    * `03-method.Rmd`

    * `04-application.Rmd`

    * `05-summary.Rmd`

    * `06-references.Rmd`

### Las referencias

* `book.bib`: fichero con las referencias bibliográficas.

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    head -n 10 book.bib
    ```

### Formatos

* `_bookdown.yml`: en el se indica el nombre del fichero del "documento" final
  y se indica, modifica, el nombre de los distintos elementos: capítulos,
  figuras, tablas, ...

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    head -n 10 _bookdown.yml
    ```

* `_output.yml`: en este fichero se describen los elementos
  que componen tanto el documento final como sus características
  para las distintas salidas: pdf, html o epub.
  También se indica aquí el título del proyecto que será visible
  en la versión html.

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    cat _output.yml
    ```

* `preamble.tex`: contenido del preámbulo de la versión pdf generada con LaTeX.

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    head -n 20 preamble.tex
    ```

* `style.css`:    Modificaciones de estilo para generar la versión `html`

    ```{r engine='sh', echo=FALSE}
    head -n 20 style.css
    ```

## Trucos, preguntas, dudas y superviencia

1. Decide tu propia etiqueta para los capítulos y los apartados,
   así podrás fácilmente hacer referencias cruzadas 
   (ver capítulo \@ref(refCruzadas)).

    ```markdown
    # Material y métodos {#chap:matMet}
    ## El área de estudio {#sec:areaEst}
    ```

1. Si quieres generar rápidamente el documento para solo un capítulo usa may+ctr+k.

1. ¿Puedo poner los nombres que quiera e indicar el orden "manualmente"?

