Las referencias bibliográficas. Añadiendo citas y referencias en los documentos

editCola: Módulo 4

00Rteam versión: 30/01/19—15:59:04

Volver: al inicio, al módulo 3

1 Intro

Necesitamos referir los trabajos previos que abordan y discuten los aspectos relacionados con nuestra investigación. En cierto modo, los distintos autores se presentan como testigos al juicio objetivo que debe ser nuestra investigación, aportando sus enfoques, planteamientos teóricos, resultados, conclusiones, …

En la actualidad es común realizar búsquedas con la ayuda de distintos herramientas y portales, desde Google Académico a Scopus o Web of Science.

Las referencias seleccionadas en las búsquedas se lleva a distintos programas para su gestión: EndNote, Mendeley, .., o JabRef. Puedes consultar un documento de comparación entre distintos programas de gestión de referencias en este enlace. No olvide que tanto las consulta de las bases de datos como el uso de los programas puede estar restringido por licencias comerciales, en ocasiones prohibitivas.

Para conectar nuestras bases de datos con los documentos en R Markdown necesitamos un fichero compatible, para ello utilizaremos el formato de bibtexLogo.

En este documento vamos integrar referencias como BibTex desde otros programas como Mendeley, [Zotero], [RefWorks] o EndNote para crear nuestros documentos con .Rmd. Obviamente, este procedimiento puede servir, tanto para crear una memoria de un proyecto, como una Tesis Doctoral, un artículo científico o una presentación a congreso.

2 Importar citas bibliográficas

Mendeley, EndNote, JabRef y otros gestores bibliográficos pueden importar bibliotecas completas que estén disponibles como archivos BibTeX (.bib). También se puede utilizar otros formatos como Endnote XML, Research Information Sistems RIS (.ris) y Zotero Library (zotero.sqlite).

Para hacer la conversión entre formatos R Markdown recurre, como ya hemos visto para los documentos, a pandoc (+info). Los distintos formatos aceptados son:

Formato Extensión de archivo
BibLaTeX .bib
BibTeX .bibtex
Copac .copac
CSL JSON .json
CSL YAML .yaml
EndNote .enl
EndNote XML .xml
ISI .wos
MEDLINE .medline
MODS .mods
RIS .ris

En lo esencial, la información que almacenas en la base de referencias recoge la información editorial. Pero podemos añadir muchos mas campos, opcionales, que nos ayudarán tanto a localizar las referencias en relación con nuestro trabajo (keywords, palabras clave personales o del grupo de investigación) o notas (notes) y comentarios (comment). Gracias a estos elemento conservaremos un una sola ficha la información relevante y además recurriremos a las herramientas de búsqueda para localizar aquellos términos o frases en las referencias que hemos estudiado.

2.1 Una cita en BibTex

Este es un ejemplo básico de un artículo con el formato .bib.

@Article{Thioulouse10,
  author       = {Jean Thioulouse and Claire Valiente-Moro and Lionel Zenner},
  title        = {Online Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis of Bacterial {DNA} Fingerprint Data},
  journal      = {The R Journal},
  year         = 2010,
  volume       = 2,
  number       = 1,
  pages        = {44--52},
  month        = jun,
  url          = {http://journal.r-project.org/archive/2010-1/RJournal_2010-1_Thioulouse~et~al.pdf}
}

En este caso podemos añadir, por ejemplo:

keywords = {palabra clave},
comment = {Nuestros comentarios ...},
abstract = {Resumen que aparece publicado con el artículo y puede descargase junto con la referencia.},

Si trabajamos con JabRef podemos editar y modificar las referencias de varias formas:

    

Observa que hay conjuntos de elementos obligatorios y otros opcionales, (que dependen del tipo de documento que aparece en la ficha).

No olvides el idendificado o etiqueta que utilizaras para el citado

2.2 Una cita en RIS

Una alternativa clásica a Bib es el formato RIS, que admite distintos tipos de colecciones, dispone de un elevado número de tags.

ID  - Thioulouse10
TY  - JOUR
AU  - Thioulouse, Jean
AU  - Valiente-Moro, Claire
AU  - Zenner, Lionel
T1  - Online Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis of Bacterial DNA Fingerprint Data
JO  - The R Journal
Y1  - 2010/june
VL  - 2
IS  - 1
SP  - 44
EP  - 52
UR  - http://journal.r-project.org/archive/2010-1/RJournal_2010-1_Thioulouse~et~al.pdf

2.3 Una cita en YAML

Por último, y para comparar vemos un formato más reciente, para un lenguaje con el que ya hemos ido jugando un poco.

- id: Thioulouse10
  type: article-journal
  author:
  - family: Thioulouse
    given: Jean
  - family: Valiente-Moro
    given: Claire
  - family: Zenner
    given: Lionel
  issued:
  - year: 2010
    month: 6
  title: 'Online Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis
    of Bacterial DNA Fingerprint Data'
  container-title: The R Journal
  page: 44-52
  volume: '2'
  issue: '1'
  URL: http://journal.r-project.org/archive/2010-1/RJournal_2010-1_Thioulouse~et~al.pdf

3 Citando en el documento Rmd

Para introducir las citas se utiliza la marca @, y dependiendo de que la cita bibliográfica se encuentre dentro de una frase o fuera de ella, se utilizan los corchetes. Por ejemplo:

+ Estos mismos resultados los obtuvo @Lopez2009 en su segundo trabajo.

+ Otros autores defienden que hay mayor posibilidad de supervivencia de los 
  jóvenes en condiciones ambientales desfavorables [@Lopez2009].

3.1 Estilos de citado

Cuidado, tenemos dos grandes tipos de referencias

El el citado en la frase está muy mal contemplado en los primeros.

3.2 Descargando un estilo

Para un adecuado citado y la correspondiente generación de las referencias, necesitamos un fichero CSL (Citation Style Language). Si conoces el estilo que deseas y está en el Zotero Style Repository solo tienes que encontrarlo, clicar sobre el y descargarlo. Si ninguno te ajusta, hay 9333 estilos (pero solo 1904 únicos): recurre a un editor de estilos de citado.